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選擇單/雙層殺菌鍋時一般考慮以下因素:
1.根據產品的特點,選擇殺菌溫度。食品殺菌大多選擇高溫殺菌鍋，溫度可以調節控制，食品溫度一般在108℃，118℃，121℃等。
例如：水果罐頭屬于酸性食品，其PH值一般在4.5以下，故多采用沸水或沸點以下的溫度殺菌，可選用水浴式殺菌鍋。而肉類食品除低溫儲藏食品外，大多選用121℃高溫高壓殺菌鍋。
2.根據包裝的不同選擇不同的殺菌方式，可以選擇高溫蒸汽殺菌鍋、高溫高壓水浴殺菌鍋或者噴淋調理殺菌鍋。
玻璃瓶裝罐頭和罐裝罐頭，可選用飽和蒸汽殺菌鍋或過熱水殺菌鍋。復合袋包裝食品，塑料瓶裝飲料，腸衣包裝的高溫食品，以過熱水殺菌為宜。
3.根據產品品種的多少和產量大小，選擇容量，單鍋、上下罐雙層，以及兩臺或多臺并聯式殺菌鍋。
小型企業可選用單臺蒸汽殺菌鍋，或上下罐電加熱（電汽兩用）殺菌鍋。大型企業則以多臺單鍋并聯運行更為經濟合理。
4.根據企業的經濟能力，選擇普碳鋼殺菌鍋，還是全不繡鋼制殺菌鍋，以及手動、半自動、全自動殺菌鍋。
食品企業在合理選擇殺菌鍋時，要根據實際情況，除以上幾點外，還要考慮殺菌溫度的精度要求，是否需要保存歷史記錄，以及本公司的能源，供水供氣和蒸汽的實際狀況，綜合考慮。或者按實際要求設計配管，更能做到經濟實用，安全可靠。
在開始殺菌進熱水的過程中，熱水是從殺菌鍋的底部進入單/雙層殺菌鍋內的，此時殺菌鍋罐體的溫度是處于常溫狀態，熱水經過管道進入殺菌鍋過程中，首先接觸到的是鋼材，熱水的溫度就將會有所降低，再接觸到產品時，溫度將會進一步地降低，這樣產品的升溫時間就會加長，就會緩解了PVDC薄膜腸衣的變化過程。隨著熱水逐漸從殺菌鍋的底部注入殺菌鍋內，殺菌鍋內的水位逐漸升高，在水面處首先接觸到產品的那部分熱水不斷接觸到產品，溫度也會逐漸降低（雖然水溫降低比重增加，但注入熱水使水位升高的速度要大于冷水下降的速度），這樣就延緩了火腿腸產品升溫的速度，避免腸衣密封邊起皺。
對于單/雙層殺菌鍋來說，無論什么形式的加熱，熱分布均勻是起碼的要求，我們現在在制定殺菌鍋流程時，在升溫階段會有一個或是兩個保溫段，這個保溫段的作用就是讓殺菌鍋內升溫快的那一部分產品暫停升溫、升溫慢的那一部分產品繼續升溫，在升溫過程中的這個保溫段處使所有的產品溫度基本趨于一致。
