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選擇水浴殺菌鍋時一般考慮以下因素:
1.根據產品的特點,選擇殺菌溫度。食品殺菌大多選擇高溫殺菌鍋，溫度可以調節控制，食品溫度一般在108℃，118℃，121℃等。
例如：水果罐頭屬于酸性食品，其PH值一般在4.5以下，故多采用沸水或沸點以下的溫度殺菌，可選用水浴式殺菌鍋。而肉類食品除低溫儲藏食品外，大多選用121℃高溫高壓殺菌鍋。
2.根據包裝的不同選擇不同的殺菌方式，可以選擇高溫蒸汽殺菌鍋、高溫高壓水浴殺菌鍋或者噴淋調理殺菌鍋。
玻璃瓶裝罐頭和罐裝罐頭，可選用飽和蒸汽殺菌鍋或過熱水殺菌鍋。復合袋包裝食品，塑料瓶裝飲料，腸衣包裝的高溫食品，以過熱水殺菌為宜。
3.根據產品品種的多少和產量大小，選擇容量，單鍋、上下罐雙層，以及兩臺或多臺并聯式殺菌鍋。
小型企業可選用單臺蒸汽殺菌鍋，或上下罐電加熱（電汽兩用）殺菌鍋。大型企業則以多臺單鍋并聯運行更為經濟合理。
4.根據企業的經濟能力，選擇普碳鋼殺菌鍋，還是全不繡鋼制殺菌鍋，以及手動、半自動、全自動殺菌鍋。
食品企業在合理選擇殺菌鍋時，要根據實際情況，除以上幾點外，還要考慮殺菌溫度的精度要求，是否需要保存歷史記錄，以及本公司的能源，供水供氣和蒸汽的實際狀況，綜合考慮。或者按實際要求設計配管，更能做到經濟實用，安全可靠。
水浴殺菌鍋的使用細節
在使用殺菌鍋進行滅菌時，殺菌鍋內冷空氣的排除是否完全很重要，因為空氣的膨脹壓大于水蒸汽的膨脹壓，所以，當水蒸汽中含有空氣時，在同一壓力下，含空氣蒸汽的溫度低于飽和蒸汽的溫度！高壓殺菌鍋使用前要水加到水位線；將需滅菌的培養基、蒸餾水或其它器皿放入滅菌鍋內，關閉鍋蓋，檢查排氣閥、安全閥狀態（上下排氣閥打開安全閥關合然后加熱，方便空氣排出，上、下排氣閥都同時處于開啟狀態待有水蒸汽從上、下閥溢出，此狀態保持7、8分鐘后，即排出空氣后上排氣閥關合，下排氣閥調小，安全閥保持關合狀態）；打開電源，檢查參數設置是否正確，然后按下“work”鍵，滅菌鍋開始工作；自動派冷氣，到105℃時，底部排氣閥門自動關閉，然后壓力開始上升；壓力升至0.15MPa（121℃）時，滅菌鍋再次自動放氣，然后開始記時，一般培養基滅菌20min，蒸餾水滅菌30min。
