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在開始殺菌進熱水的過程中，熱水是從殺菌鍋的底部進入全自動殺菌鍋內的，此時殺菌鍋罐體的溫度是處于常溫狀態，熱水經過管道進入殺菌鍋過程中，首先接觸到的是鋼材，熱水的溫度就將會有所降低，再接觸到產品時，溫度將會進一步地降低，這樣產品的升溫時間就會加長，就會緩解了PVDC薄膜腸衣的變化過程。隨著熱水逐漸從殺菌鍋的底部注入殺菌鍋內，殺菌鍋內的水位逐漸升高，在水面處首先接觸到產品的那部分熱水不斷接觸到產品，溫度也會逐漸降低（雖然水溫降低比重增加，但注入熱水使水位升高的速度要大于冷水下降的速度），這樣就延緩了火腿腸產品升溫的速度，避免腸衣密封邊起皺。
對于全自動殺菌鍋來說，無論什么形式的加熱，熱分布均勻是起碼的要求，我們現在在制定殺菌鍋流程時，在升溫階段會有一個或是兩個保溫段，這個保溫段的作用就是讓殺菌鍋內升溫快的那一部分產品暫停升溫、升溫慢的那一部分產品繼續升溫，在升溫過程中的這個保溫段處使所有的產品溫度基本趨于一致。
全自動殺菌鍋的使用細節
在使用殺菌鍋進行滅菌時，殺菌鍋內冷空氣的排除是否完全很重要，因為空氣的膨脹壓大于水蒸汽的膨脹壓，所以，當水蒸汽中含有空氣時，在同一壓力下，含空氣蒸汽的溫度低于飽和蒸汽的溫度！高壓殺菌鍋使用前要水加到水位線；將需滅菌的培養基、蒸餾水或其它器皿放入滅菌鍋內，關閉鍋蓋，檢查排氣閥、安全閥狀態（上下排氣閥打開安全閥關合然后加熱，方便空氣排出，上、下排氣閥都同時處于開啟狀態待有水蒸汽從上、下閥溢出，此狀態保持7、8分鐘后，即排出空氣后上排氣閥關合，下排氣閥調小，安全閥保持關合狀態）；打開電源，檢查參數設置是否正確，然后按下“work”鍵，滅菌鍋開始工作；自動派冷氣，到105℃時，底部排氣閥門自動關閉，然后壓力開始上升；壓力升至0.15MPa（121℃）時，滅菌鍋再次自動放氣，然后開始記時，一般培養基滅菌20min，蒸餾水滅菌30min。
